Penelitian ini untuk menganalisis dan mendeskripsikan tentang manajemen kesiswaan di pesantren yang menyelenggarakan pendidikan khusus untuk anak usia dini yang berumur 5-6 tahun sebagai siswanya. Pesantren ini menjadi beda dari kebanyakan pesantren di Indonesia yang siswanya adalah usia sekolah dasar sampai perguruan tinggi. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi kasus. Tehnik pengumpulan data dilakukan dengan observasi, wawancara dan dokumentasi. Analisis data menggunakan model interaktif Miles dan Huberman. Hasil penelitian menunjukan bahwa implementasi manajemen kesiswaan yang dilakukan pesantren memiliki kesamaan dengan beberapa teori yang diungkapkan oleh para ahli, walaupun dengan beberapa perbedaan. Secara umum, prinsip-prinsip manajemen universal seperti perencanaan, pengorganisasian, penggerakkan dan pengendalian diterapkan oleh pesantren. hal ini memberi penegasan bahwa pesantren mampu menjadi alternatif lembaga pendidikan bagi anak usia anak dini, diantaranya : (1)koordinasi antara pimpinan pusat, pimpinan cabang bersama para ustad dalam bentuk halaqoh kegiatan rapat bulanan guru dan kyai sertastakeholder dalam bentuk halaqoh menjadi model yang khas dalam membahas tentang agenda pesantren, menentukan kuota penerimaan siswa, cara perekrutan siswa, seleksi dan perkembangan pondok cabang, sehingga Pesantren memiliki agenda kegiatan lebih jelas, terstruktur baik di pusat maupun cabang. (2) penempatan siswa dilakukan dengan cara membentuk kelompok-kelompok kecil berdasarkan ditempatkan di beberapa asrama terpisah yang disebut “pondok cabang” agar memudahkan control dan pembinaan secara akademik dan non akademik (3) Layanan siswa dimulai sejak siswa masuk sebagai siswa untuk memberikan bimbingan dan konseling dalam memecahkan masalah kesulitan belajar maupun mengatasi kerinduan terhadap orang tua dengan pendekatan religi dengan doa dan air putih oleh guru khususnya Kyai yang juga sebagai pengganti orang tua. Dan juga terdapat layanan kantin, kesehatan dan perpustakaan. (4) Pengawasan siswa yang dilakukan sekolah yaitu evaluasi akademik dengan secara berkala, harian bulanan semesteran dan tahunan, sebagai bentuk pengawasan terhadap asrama pusat maupun cabang yang dilaporkan kepada orang tua dalam bentuk buku atau rapor, dan menjalin hubungan dengan para alumni dalam mengembangkan pesantren.Kata kunci : manajemen kesiswaan, perencanaan, pengorganisasian, Pembinaan, Pengawasan