Penelitin ini bertujuan untuk menganalisis dan mengkonstruksi model manajemen pendidikan pada lembaga pendidikan Islam di daerah minoritas muslim melalui bagaimana pembentukan dan perkembangan, manajemen pendidikan, manajemen lingkungan pendidikan dan manajemen satuan-satuan pendidikan pada Yayasan Pendidikan Islam di kabupaten Jayawijaya.Pendekatan yang digunakan dalam penelitian ini adalah pendekatan kualitatif dengan metode etnografi. Pengumpulan data dilakukan melalui wawancara, observasi, dan kajian dokumentasi. Subjek penelitian internal terdiri dari Ketua Yayasan Pendidikan Islam Pusat maupun Cabang, kepala-kepala sekolah, subjek penelitian eksternal terdiri dari ketua Forum Kerukuman Umat Beragama (FKUB), ketua Persekutuan Gereje-Gereja Jayawijaya (PGGJ), kepala Kementerian Agama dan kepala Dinas Pendidikan.Hasil penelitian mengungkapkan bahwa (1) Yayasan Pendidikan Islam Cabang Jayawijaya terbentuk, pertama atas prakarsa sukarelawan Trikora, kedua kepedulian perantaumuslim melalui organisasi Pelopor Pembangunan Irian Barat (PPIB), dan ketiga berdasarkan kebutuhan masyarakat muslim dan masyarakat Jayawijaya (2) manajemen pendidikan YAPIS Cabang Jayawijaya melalui perencanaan, pengorganisasian, pelaksanaan dan pengendalian. Perencanaan mengikuti rencara stratagis YAPIS Pusat, pengorganisasian lembaga terdiri dari pegawai negeri sipil dari dinas pendidikan, kementerian agama dan pemerintah daerah. Pelaksanaan pengelolaan lembaga pendidikan memberikan otonomi kepada satuan-satuan pendidikan,sedangkan pengendalian dilaksanakan oleh YAPIS, dinas pendidikan dan kementerian agama (3) manajemen lingkungan pendidikan melalui silaturahmi dan membangun komunikasi dengan tokoh lintas agama, lembaga agama, lembaga pendidikan danmelalui pendekatan-pendekatan politik, ekonomi, sosial dan budaya (4) manajemen satuan-satuan pendidikan menerima semua siswa yang ingin sekolah di YAPIS tanpa menggunakan standar nilai dan persyaratan khusus, dan memberikan layanan kepada masyarakat dengan tidak membedakan etnik dan agama.Kata kunci : Manajemen Pendidikan, Lembaga PendidikanIslam, Minoritas.