Penelitian ini bertujuan untuk mengembangan model pembelajaran mata kuliah pendidikan agama Islam menggunakan e-modul berbasis website. Penelitian dan pengembangan model ini akan menghasilkan desain model pembelajaran dan produk bahan pembelajaran mandiri yang berbentuk e-modul online berbasis website, yang disertai dengan buku pedoman untuk dosen dan mahasiswa. Metodologi dalam penelitian ini menggunakan model Rowntree dikombinasi dengan Model Hannafin and Peck. Hasil dari penelitian ini dari uji kelayakan one to one expert ahli desain instruksional memperoleh nilai rata-rata 97,75%, ahli materi nilai rata-rata 83,31%, ahli media nilai rata-rata 84,38% dan ahli bahasa mendapat nilai rata-rata 87,5%. Hal ini berarti model yang dikembangkan layak untuk digunakan.Hasil penilaian uji one to one mahasiswa memperoleh nilai sebesar 86%, kelompok kecil 91% dan uji lapangan 92%, sehingga e-modul berbasis website ini layak untuk digunakan. Selanjutnya hasil dari uji efektivitas menggunakan uji t berpasangan (paired sample t-test) nilai t hitung 22,335 > 1,99085 t tabel, sehingga dapat disimpulkan ada perbedaan yang signifikan dari hasil pretest sebelum menggunakan model pembelajaran pendidikan agama Islam menggunakan e-modul berbasis website dengan hasil post test setelah menggunakan model pembelajaran. Jadi model pembelajaran mata kuliah pendidikan agama Islam menggunakan e-modul berbasis website efektif meningkatkan hasil belajar PAI mahasiswa Fakultas Sains dan Teknologi Universitas Nahdlatul Ulama Lampung. Kata kunci : Pengembangan, Model Pembelajaran, E-modul, Pendidikan Agama Islam, Website.